[Histoire — issue de wikipédia, contient des révélations]

Une fois encore, Batman vient de capturer le Joker alors que celui-ci s’apprêtait à tuer le maire de Gotham City, et le ramène à l’Asile d’Arkham situé sur une île au large de Gotham. Suite à un incendie, un grand nombre de détenus de la prison de Blackgate ont été temporairement délocalisés à Arkham, parmi lesquels de nombreux hommes du Joker.

Méfiant, Batman trouve que la capture du Joker a été un peu trop facile et, devant sa docilité, préfère accompagner les gardes jusqu’à sa cellule. Au cours de l’escorte, la sécurité de l’asile est neutralisée par Harley Quinn, permettant au Joker et à ses hommes de s’échapper et de prendre le contrôle total de l’île. Batman comprend rapidement que les derniers évènements, y compris l’incendie de Blackgate, font partie des plans du Joker et que des complices à l’intérieur même de l’asile l’ont aidé à s’échapper.

Le Joker menace de faire exploser des bombes dans Gotham si quiconque de l’extérieur vient en aide à Arkham, contraignant Batman à agir seul. Aidé à distance par Oracle, il doit donc rapidement venir en aide à Quincy Sharp, le directeur de l’asile, mais aussi au commissaire Gordon, prisonnier de l’île, ainsi qu’à tous les gardes et les médecins retenus dans les bâtiments.

Après avoir retrouvé le corps de Frank Boles, un garde corrompu par le Joker, Batman se met à la recherche de Gordon. Juste après avoir libéré Gordon, il découvre Bane, installé dans une machine qui pompe et filtre son sang pour en récupérer le venin qui lui fournit une force surhumaine. Le Joker le libère, mais Batman parvient à le mettre hors d’état de nuire en projetant la Batmobile sur lui, le poussant dans la baie. Gordon retourne à Gotham, tandis que Batman part sauver le docteur Young, responsable du projet Titan.

Il parvient à rejoindre une petite Batcave qu’il avait installée sur l’île il y a quelques années, ce qui lui permet d’analyser les premières données avec Oracle. Le Chevalier Noir comprend alors que le véritable objectif du Joker est de développer un produit chimique, appelé « Titan », qui est produit dans l’asile à partir du venin de Bane, et de créer une armée de mutants surpuissants, le tout avec l’aide du docteur Young, qu’il a contraint de participer. Batman retrouve Young et la sauve de Victor Zsasz, mais celle-ci meurt dans l’explosion d’une bombe du Joker. Batman n’a plus qu’une personne à retrouver : le directeur Sharp, qui est la seule personne à avoir les codes d’accès aux dernières données du projet Titan.

Après avoir évité par trois fois de sombrer dans la folie à cause du gaz de l’Épouvantail, Batman retrouve Sharp qui s’est réfugié dans le quartier pénitentiaire, où Harley Quinn profite de l’agitation pour libérer Poison Ivy. Mais le Joker continue ses recherches et finit par obtenir un premier état de la formule Titan ; il utilise alors le Titan sur plusieurs de ses hommes de main, les transformant en mutants très puissants. Batman doit donc demander de l’aide à Ivy pour trouver un antidote. Elle lui révèle que les spores qui pourraient sauver les habitants de Gotham se trouvent dans les égouts, là où Killer Croc s’est réfugié. Batman parvient à réunir assez d’échantillons tout en évitant les assauts de Croc, et retourne à la Batcave créer l’antidote. Toutefois, le Joker a donné du Titan à Poison Ivy, qui ordonne à ses plantes d’envahir l’île et Batman a à peine le temps de synthétiser une dose d’antidote que les plantes envahissent son repaire. Le Joker projette enfin de contaminer la source d’eau de Gotham avec le produit afin de transformer les habitants en monstres. Batman part donc à la station de pompage afin de purifier l’eau. Il affronte donc d’abord Poison Ivy, réfugiée dans les jardins botaniques.

En s’échappant de la serre, Batman reçoit une invitation du Joker pour une « fête » au pénitencier. Sur les lieux, le Chevalier noir découvre que le commissaire Gordon a été capturé de nouveau. Alors que Batman repousse les assauts des prisonniers, il reçoit une fléchette de Titan en essayant de protéger Gordon. Le Joker s’injecte à son tour une dose de sérum et se transforme en monstre, tandis que Batman essaie de lutter contre les effets du produit. Le combat final a lieu sur le toit, et Batman assomme le Joker mutant en lui assénant un coup de poing recouvert de gel explosif.

Mais la situation est à peine sous contrôle sur l’île d’Arkham que Batman entend un appel dans l’une des radios de police : Double-Face a dévalisé la Second National Bank de Gotham, mis deux officiers à terre, et s’enfuit dans la voiture de patrouille. Batman annonce au commissaire Gordon que le repos attendra, grimpe dans son Batwing et rejoint la côte.

(Une dernière image montre une caisse de Titan flottant dans la baie, avant que l’Épouvantail, Killer Croc, ou Bane ne s’en empare ; ce plan varie selon le niveau de difficulté choisi.)